A betegséget a nyelőcső alsó szakaszán elhelyezkedő záróizom működésének zavara okozza, ami hasűri nyomás hatására alulról is átengedi az elfogyasztott tartalmat. Normál esetben a záróizom csak a nyelőcső felől érkező étel áthaladásakor nyílik ki.
Reflux esetén gyomorsav és egyéb emésztőnedvek kerülnek vissza a nyelőcsőbe, felmarva annak nyálkahártyáját. Legáltalánosabb tünete a gyomorégés, emellett a szájüregbe hatoló csípős, savas íz is jellemző. A visszafolyó gyomortartalom nyelési problémákat okoz a betegnek, és a fogakat is roncsolja. Jelentkezhet rossz szájíz, kellemetlen szájszag egyaránt. A reflux jól kezelhető, ha orvoshoz fordulunk, ideális étrend kialakításával és gyógyszeres kezeléssel a tünetek megszüntethetők. A kezeletlen reflux számos problémát okozhat, leggyakoribb szövődmény a nyelőcsőgyulladás, ami elhanyagolva nyelőcső-szűkületet is előidézhet, amiból akár asztma is kialakulhat. A nyelőcső nyálkahártyáján kialakuló krónikus gyulladás sebeket, fekélyeket okozhat, amik vérezhetnek, nyelőcső fekély is kialakulhat.
Ha a savas gyomortartalom bejut a légutakba, ott gyulladást, vagy akár tüdőgyulladást is okozhat. A légzés minőségének romlása éjszakánként horkolást, alvásproblémákat okozhat elő. A hosszú ideig kezeletlen reflux legsúlyosabb szövődménye az állandó irritációnak kitett nyálkahártyán kialakuló nyelőcsőrák. Ennek előfutára az úgynevezett Barrett-nyelőcső, amiből 30-40 százalékos eséllyel alakul ki később rosszindulatú daganat. Gyakran a nehezen gyógyuló arcüreggyulladás, valamint a garat- és gégegyulladás mögött is a kezeletlen reflux áll. Ritkább tünet a rohamszerűen jelentkező éjszakai gégegörcs, ami a savas visszafolyás okozta köhögés miatt alakul ki és akár életveszélyes állapotot is elő tud idézni.