A bonszai fák története igen régre nyúlik vissza. Egészen az ősi, misztikus időkbe. Már az egészen korai dinasztiák idejében is divat volt a bonszai. Kezdeteit az ókori Kínának tulajdonítják, amiről úgy hitték, hogy az orvosok ilyen módon szállították a gyógynövényeket.
[wp_ad_camp_1]
A korai időkben a stílusosan megformált törzs volt a lényeg, ezeket főleg állat- vagy misztikus formákra alakították. Vannak ebből a korból fennmaradt darabok is. A japánok a bonsait Kínától vették át, és a nagykövetség hozta „divatba” Japánban valamikor VII.-IX. századig. A Kamakura-korból származó penijing a Heian-kori szokásokra hivatkozik, néhány papírtekercsre lett felrajzolva. A rá következő időszakban ez különféle formákban jelent meg. Mint a japánkertnél, itt is átvételre került a „vabi-szabi” művészforma. Ekkoriban a bonszai még csak egy adott réteghez tartozó társadalmi szokás volt. Az Edo-korban a bonszaial való foglalkozás a daimjó, szamuráj, a kereskedő és a városlakó réteg számára is elérhető lehetőség volt. Amint a bonszai-cserép népszerű lett, több fazekas kezdett el foglalkozni kimondottan ezzel a cseréptípussal. Úgy tartják, a bonsai szót ekkor kezdték el használni. Rengeteg fametszeten maradt fenn a bonsai.
Akkor bonsai egy kistermetű növény, fa, ha valamelyik hagyomány jegyeit magán viseli. Ehhez évek kellenek, mire a fa alakítása úgy sikerül. Az évszázadok során több hagyomány alakult ki. Ha egy kicsi fa esztétikailag szép, valószínű, hogy egyik hagyománynak megfelel. A hagyományok meghatározhatók a törzs vagy korona alakja, a gyökérzet és az elrendezés szerint is. A bonsainak évszázados kialakult kultúrája van, mai napig virágzik ez a kultúra. Szép művészet, amely több különböző stílust is ötvöz. A bonszai fa Japán egyik fontos jelképe.